На уточнюючий розрахунок поширюються положення пункту 49.10 ПК України. Цим пунктом визначено, що відмова у прийнятті податкової декларації з причин, не визначених статтею 49 ПК України, забороняється. А виходячи з частини 2 статті 19 Конституції України, органи державної влади та їх посадові особи зобов'язані діяти у межах і в спосіб, визначений законом. Якщо у наказах контролюючого органу чи методичних рекомендаціях вказані додаткові підстави відмови, відмова у прийнятті за такими підставами є протиправною.

Незважаючи на однозначність позиції судів з цього питання, на практиці виникає багато запитань. Велика кількість справ, що розглядається судами, стосуються невизнання контролюючим органом уточнюючого розрахунку. Зустрічаються непоодинокі випадки, коли ДПІ після відмови у прийнятті уточнюючого розрахунку здійснює перевірку (камеральну, а в деяких випадках і документальну невиїзну), приймає податкову вимогу або податкове повідомлення-рішення на суму, що подавалася в уточнюючому розрахунку, а також штрафні санкції за несплату податкового зобов'язання, а також вважає, що виникає податкова застава. Наприклад, див. ухвалу ВАСУ від 03 липня 2014 року у справі № 2а-10792/10/0470, ухвалу від 14 жовтня 2014 року у справі № 2а-2170/10/2570.